下記のような記述がありますが、一般的に行われているようです。
1 つのウェブページに複数の Google Analytics トラッキング コードを設置することはサポートされていない実装方法です。
（引用：http://www.google.com/support/analytics/bin/answer.py?hl=jp&answer=72298）
また、若干意味合いが異なるかもしれないが以下のページが参考になるかもです。
通常単一ドメイン、単一プロファイルでトラッキングする場合は以下のコードを利用します。
<script type=”text/javascript”>
var gaJsHost = ((“https:” == document.location.protocol) ? “https://ssl.” : “http://www.”); document.write(unescape(“%3Cscript src='” + gaJsHost + “google-analytics.com/ga.js’ type=’text/javascript’%3E%3C/script%3E”)); </script>
<script type=”text/javascript”>
try {
var pageTracker = _gat._getTracker(“UA-YYYYYYY-ZZ”);
pageTracker._trackPageview();
} catch(err) {}</script>
これを複数のプロファイルでトラッキングするには以下のようにするとよいらしい。
（参考：「はてな」さんのダイアリーのソース – 以下のように３つのプロファイルが利用されています。）
<script type=”text/javascript”>
var gaJsHost = ((“https:” == document.location.protocol) ? ” https://ssl.” : “http://www.”);
document.write(unescape(“%3Cscript src='” + gaJsHost + “google-analytics.com/ga.js’ type=’text/javascript’%3E%3C/script%3E”));
</script>
<script type=”text/javascript”>
try {
var pageTracker = _gat._getTracker(“UA-AAAAAAA-AA”); // ユーザ設定のプロファイル
pageTracker._initData();
pageTracker._trackPageview();
} catch(err) {}
</script>
<script type=”text/javascript”>
var gaJsHost = ((“https:” == document.location.protocol) ? “https://ssl.” : “http://www.”);
document.write(unescape(“%3Cscript src='” + gaJsHost + “google-analytics.com/ga.js’ type=’text/javascript’%3E%3C/script%3E”));
</script>
<script type=”text/javascript”>
try {
var firstTracker = _gat._getTracker(“UA-BBBBBBB-BB”); // おそらくダイアリー固有のプロファイル
firstTracker._initData();
firstTracker._trackPageview();
var secondTracker = _gat._getTracker(“UA-CCCCCCC-CC”); // おそらく、はてなさん全体のプロファイル
secondTracker._setDomainName(“.hatena.ne.jp”); // サブドメインの設定がなされている
secondTracker._initData();
secondTracker._trackPageview();
} catch(err) {}
</script>
なるほどです。
さらに各プロファイルごとに設定が必要な場合は、「pageTracker 」、「firstTracker 」、「secondTracker」へ各々個別に行う必要があるでしょう。
複数トップレベルドメインでトラッキングする場合なら、「hogehogeTracker」の「_trackPageview();」実行前に以下のコードの追加が必要になるでしょう。
hogehogeTracker._setDomainName(“none”);
hogehogeTracker._setAllowLinker(true);